Първият руски цар, който не е от семейство Рюрикови, Борис Годунов, почина на 53-годишна възраст на 13 април 1605 г. Смъртта му е обгърната в тайни и до днес историците спорят дали смъртта му е била естествена или насилствена.
Летописните документи сочат, че в деня на смъртта си Годунов изглеждал здрав, вечерял с голям апетит и се изкачвал на кулата, от която обичал да изследва Москва. После слезе от нея, чувствайки се зле. Призованият при царя лекар не можел да направи нищо, царят кървял от ушите и носа му, скоро Годунов го нямало.
Както пише един от представителите на английския посланик Томас Смит, който в този момент е бил в двора на руския самодържец, царят е почувствал, освен гадене и болка в стомаха, и е починал преди пристигането на лекаря.
Внезапната смърт на Борис Годунов, болки в стомаха дават основание да се подозира, че царят е бил отровен. Смъртта му е от полза преди всичко на привържениците на Лъже Дмитрий I, чиито войски се приближават към Москва по това време.
Сред хората имаше и слух, че самият цар е отровен в пристъп на отчаяние, причинен от неговата непопулярност сред хората, глада в страната и нейната окупация от поляците.
Познавайки нрава на Борис, неговия характер, желанието за върховна власт, за която той беше готов на всичко (той беше обвинен в отравяне на Иван Грозни, убийството на Царевич Дмитрий, син на Иван IV), и което той постигна, ставайки де фактически владетел на Русия при Федор Иванович, можете да се съмнявате във версията за самоубийството на Годунов. Според мнението му за царя руският народ най-вероятно е бил безразличен към самодържеца. Напредъкът на поляците в цялата страна също не може да изплаши царя, защото имаше дори по-лоши времена в руската история, нека си припомним, например, нашествието на монголско-татарите в Русия.
Не трябва да се забравя, че напоследък Годунов често боледува и смъртта му може да е резултат от продължителна болест на самодържеца.
